Видове та ценотичне різноманіття та його збереження
За попередніми даними у флорі НПП «Бойківщина» нараховується близько 700 видів судинних рослин.
На території парку «Бойківщина» збереглися та повинні охоронятися умовно корінні букові (з класу Querco-Fagetea Br.-Bl. Et Vlieg. 1937) та ялицево-смереково-букові (з порядку Vaccinio-Piceetalia Br.-Bl. 1939) деревостани. Чистим буковим лісом (угруповання з порядку Fagetalia sylvaticae Pawł. in Pawł., Sokoł. et Wall. 1928) вкритий хребет Бучок. Підлісок тут майже відсутній, або складається з підросту Fagus sylvatica, лише зрідка трапляється Corylus avellana, Sambucus nigra, S. racemosa. Трав’яний покрив представлений такими видами: Aegopodium podagraria, Anemone nemorosa, A. ranunculoides, Aposeris foetida, Athyrium filix-femina, Cardamine glanduligera, Carex brizoides, Corydalis solida, Dryopteris filix-mas, Galanthus nivalis, Galium odoratum, Scilla bifolia тощо.
Ялицево-смереково-букові ліси збереглися на території в урочищі «Мішок». Домінуючі породи – Abies alba, Fagus sylvatica, Picea abies, зрідка в домішку трапляється Acer platanoides. Ярус чагарників слабо виражений, місцями його утворюють зарості представників роду Rubus, Corylus avellana, Lonicera nigra. У трав’яному покриві наявні види, такі ж як у бучинах, а також Chelidonium majus, Lilium martagon, Orthilia secunda, Vaccinium myrtillus та інші.
Ялицево-смерековий і смерековий ліс (представлений угрупованнями з порядку Vaccinio-Piceetalia та монокультурами Picea abies) переважає на хребтах Червоний Верх та Сянський. Флористичний склад цих хвойних лісів небагатий, характерними видами є Dryopteris dilatata, Luzula luzuloides, Oxalis acetosella, Vaccinium myrtillus та інші.
На хребті Бучок та Сянському є площі, засаджені Pinus sylvestris. Під її пологом добре йде природне відновлення смереки та ялиці.
На хребті Сянський наявні незначні площі заростей Alnus viridis, в долинах басейну ріки Сян – сіровільшняки (угруповання з підсоюзу Alnenion glutinoso-incanae Oberd. 1953) з домішкою Acer pseudoplatanus та Picea abies.
На території ландшафтного заказника загальнодержавного значення «Пікуй» зростають високопродуктивні змішані насадження природного походження за участі смереки, бука, ялиці, на висоті 850-1070 м н.р.м. Букові деревостани і буково-смерекові насадження мають неоціненне водорегулююче і ґрунтозахисне значення. Флора заказника багата видами, занесеними до Червоної книги України, 2009, тут ростуть: цибуля ведмежа, лунарія оживаюча, шафран Гейфеля, білоцвіт весняний, підсніжник звичайний. Особливої уваги та охорони потребують фрагменти субальпійської рослинності на вершині г. Пікуй, зокрема, високогірні види (Saxifraga paniculata, Sempervivum montanum).
На території парку є значні площі старих перелогів (не орються понад 20 років), що тепер використовуються як пасовища для великої рогатої худоби. Такі ділянки часто вкриті угрупованнями з класу Nardo-Callunetea Prsg. 1949 з поодинокими кущами Juniperus communis; трав’яний ярус тут складають Anthoxanthum odoratum, Danthonia decumbens, Lotus corniculatus, Lycopodium clavatum, Nardus stricta, Platanthera bifolia тощо.
Вторинні луки, що утворилися на місці вирубаних лісів, представлені лучними угрупованнями переважно із класу Molinio-Arrhenatheretea R. Tx. 1937 (з переважанням у покриві злаків: Agrostis capillaris, Anthoxanthum odoratum, Cynosurus cristatus, Dactylis glomerata, Phleum pratense, представників роду Festuca та ін.). Клас представлений порядками: Arrhenatheretalia Pawł. 1928, союзи Arrhenatherion elatioris (Br.-Bl. 1925) Koch 1926 (асоціація Arrhenatheretum elatioris Br.-Bl. Ex Scherr. 1925) та Cynosurion R.Tx. 1947 (асоціація Lolio-Cynosuretum R.Tx. 1937); Molinietalia caeruleae W.Koch 1926, союзи Calthion palustris R.Tx. 1936 em. Oberd. 1957 (Angelico-Cirsietum oleracei R.Tx. 1937 em. Oberd. 1967, Cirsietum rivularis Nowiński 1927, Epilobio-Juncetum effusi Oberd. 1957, Scirpetum silvatici Ralski 1931)і Filipendulion ulmariae Segal 1966 (Filipendulo ulmariae-Menthetum longifoliae Zlinska 1989) та ін.
На заболочених берегах водойм незначні площі займають угруповання класу Phragmitetae R.Tx. et Prsg 1942 (порядoк Phragmitetalia Koch 1926, союз Magnocaricion elatae Koch 1926, асоціації Caricetum gracilis (Graebn. et Hueck 1931) R.Tx. 1937, Caricetum vulpinae Nowiński 1928).
На схилах, у місцях, де підземні води виходять на поверхню, утворилися “висячі” болота, з угрупованнями класу Scheuchzerio-Caricetea nigrae (Nordh. 1937) R.Tx. 1937, порядку Caricetalia davallianae Br.-Bl. 1949, союзу Caricion davallianae Klika 1934, асоціації Valeriano-Caricetum flavae Pawł. (1949 n.n.)1960із Carex flava, Dactylorhiza majalis, Epipactis palustris, Equisetum palustre, Eriophorum latifolium тощо.
Рослинний покрив верхового болота в урочищі «Мішок» сформований суцільним моховим покривом, складеним переважно представниками роду Sphagnum за участю Andromeda polifolia, Eriophorum vaginatum, Ledum palustre, Vaccinium oxycoccos, Vaccinium uliginosum та сильно пригнічених Betula pendula, Picea abies, Pinus sylvestris тощо (складають угруповання із класу Oxycocco-Sphagnetea Br.-Bl. et R.Tx. 1943).